A Stargate Universe történet középpontjában egy az Ősök által épített hajó a Destiny áll. Az Ősök több legénység nélküli hajót küldtek, melyeket adat- és forrásgyűjtésre illetve csillagkapuk készítésére programoztak és lakható bolygón helyezzék el azokat. Minden lényeges információt visszaküldtek, hogy segítségével tervezhessék meg a Destiny útvonalát. A céljuk az volt, hogy felderítsék az univerzum távoli részét és idegen fajokkal találkozzanak.
A hajót legénység nélkül küldték ki több ezer évvel ezelőtt és úgy tervezték, hogy a csillagkapu 9. ékzára segítségével jutnak ide amikor már elég messze lesz a galaxisban, de a hajóra nem jutottak el.
A sorozat cselekménye ott kezdődik amikor egy katonákból és tudósokból álló csapat az Icarus kutatóbázisukat támadás következtében hátrahagyva eljutnak a Destinyre. A hajó irányíthatatlan, több fontos rendszer sérült vagy nem működik és nem képesek visszatérni a Földre. A Destiny időnként megszakítja útját és a hatótávolságába került csillagkaput tárcsázza, ahol szükséges ellátmány található a hajó javításához és a legénység számára.
